基于压缩氨基酸和支持向量机进行膜蛋白类型识

【摘要】：膜蛋白是一类结构独特的蛋白质,是细胞执行各种功能的物质基础。根据其在细胞膜上的不同存在方式,主要分为六种类型。本文利用压缩的氨基酸对原始膜蛋白序列进行信息压缩,再对压缩序列进行氨基酸组成和顺序特征的提取,最后采用支持向量机构建分类模型。通过五叠交叉验证的结果表明,该方法对于六种膜蛋白的分类预测,准确度最高可达98%以上,平均预测准确度在85%以上,可有效实现膜蛋白六种类型的划分,为进一步分析膜蛋白的结构和功能奠定基础。
 
【关键词】： 膜蛋白 压缩氨基酸 支持向量机

【正文快照】：
膜蛋白是一类结构独特的蛋白质,它处于细胞与外界的交界部位,是细胞执行各种功能的物质基础,同时也是很多药物作用的靶点,如最典型的G蛋白偶联受体家族,它虽然只占人类基因组编码序列的1%,但在药物研发中却有60%~70%的目标蛋白是G蛋白偶联受体家族成员[1]。目前随着基因组学和

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【参考文献】
 
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